Curah hujan yang berlangsung pada bulan Februari  ini tergolong cukup tinggi sehingga mengakibatkan beberapa wilayah di Kabupaten Pasuruan terjadi banjir. Diantaranya, desa-desa di wilayah Kecamatan Rejoso, Winongan,dan Grati. Hal itu dikarenakan curah hujan yang terus menerus dengan intensitas sedang dan lebat selama 3 (tiga) hari berturut –turut pada tanggal 9,10 dan 11 Februari  2023.

 MTSN 5 Pasuruan yang juga masuk dalam aliran sungai Krawan tak lepas dari kejadian ini. Hampir 90 % siswa madrasah yang rumahnya juga terdampak. Madrasah  ini secara umum tidak terkena banjir, tetapi akses jalan menuju sekolah tersebut terendam air luapan dari sungai.

Sabtu, 11 Februari 2023 ini termasuk hari kedua banjir. Untuk kali ini akses menuju madrasah terhambat. Banjir tersebut setinggi lutut siswa. Tidak sedikit sepeda siswa yang melewati jalan ini mengalami mogok.

Namun, meski begitu siswa yang telah hadir di madrasah tetap semangat mengikuti pembelajaran.

“ Semoga yang tetap semangat belajar di tengah bencana banjir ini siswa diberikan kemudahan dan kesuksesan. Dan yang terdampak semoga diberikan kesabaran”  jelas kepala madrasah Bapak Ivan Wahyudi.